La Generalitat de Catalunya, mitjançant els corresponents Acords de Govern, ha aprovat diverses llistes d’espais a incorporar a la xarxa Natura 2000. La primera d’elles, aprovada l’any 1997, incloïa exclusivament els espais del PEIN que complien amb els criteris de la normativa europea per ser declarats com a Llocs d’Importància Comunitària (LIC) o com a Zones d’Especial Protecció per a les Aus (ZEPA). Aquestes llistes van ser modificades diverses vegades fins que el 5 de setembre de 2006, el Govern de Catalunya, amb l’Acord de Govern 112/2006, aprova la llista definitiva de LIC i de ZEPA que configura la xarxa Natura 2000 al nostre país. D’aquesta, les ZEPA són declarades directament per la Generalitat mentre que els LIC resten pendents de l’aprovació definitiva per part de la Comissió europea, fet que no té lloc fins el mes de desembre de 2008. Posteriorment, a l’estiu de 2009, s’ha procedit a la modificació puntual dels límits de diversos espais així com a l’ampliació de set ZEPA presents a la Plana de Lleida per tal de donar compliment a dues sentències del Tribunal de Justícia de les Comunitats Europees que reclamen major protecció per a les aus estepàries.
El desembre de 2013, es va fer la declaració de 29 LIC com a Zones d’especial conservació (ZEC); culminava així el procés de desplegament de la xarxa Natura 2000 a l’àmbit de la Plana de Lleida i al Pirineu i Prepirineu. Es tracta dels 7 espais de la Plana de Lleida, així com dels 22 espais situats al Pirineu i Prepirineu corresponents a la regió biogeogràfica alpina. Finalment, el de novembre de 2014, es va fer la declaració de la resta de les 86 LIC com a ZEC situades a la regió biogeogràfica mediterrània; culminava així, definitivament, el desplegament de la xarxa Natura 2000 al nostre país.